Rijnboutt bestaat in zijn huidige vorm sinds 2005. Kees Rijnboutt, Renée Liefting, Mattijs Rijnboutt en Bart van der Vossen beklonken de oprichting van Rijnboutt van der Vossen Rijnboutt – inmiddels kort en krachtig: Rijnboutt – in een winters Stockholm. Tot een jaar daarvoor werkten zij bij de architectengroep in Amsterdam, waar Kees Rijnboutt al sinds 1975 architect-directeur was. Renée en Bart werden er in 2002 benoemd tot directieleden, Mattijs in 2004 tot architect.

De formele rechtsvoorganger van Rijnboutt is dus de architectengroep. Dit bureau kende een lange geschiedenis en een bijzondere organisatievorm, waarbij alle medewerkers samen het bureau bestuurden en via een stichting samen eigenaar waren van het bedrijf. Voor dit antiautoritaire organisatiemodel uit de jaren zeventig bleek steeds minder draagvlak en in 2004 werd de stichting die het eigendom van de architectengroep bezat opgeheven.

Frederik Vermeesch kwam in 2000 als veelbelovend jonge architect bij de architectengroep. Kees Rijnboutt ontmoette hem toen Rijnboutt een zogenaamde meesterproef voorzat, op initiatief van organisator Bob van Reeth, destijds Vlaams Bouwmeester in België. In 2006 werd Frederik partner bij Rijnboutt.

In 2007 verscheen ‘Fragments and Counterparts _ Rijnboutt, van der Vossen, Rijnboutt _ architecture, urban planning, strategy’. Deze lijvige bureaupublicatie, bedoeld om het nieuwe bureau onder de aandacht te brengen, maakte duidelijk dat er op alle schaalniveaus binnen het vakgebied gewerkt werd aan een gevarieerde portefeuille. 

Tussen 2006 en 2009 groeide het aantal opdrachten op het gebied van transformatie en herbestemming, vaak in relatie tot retail. Deze – ook procesmatig – uitdagende opgaven zorgden er mede voor dat Rijnboutt de crisis relatief goed doorkwam en een bureau is gebleven dat complexe opgaven in de volle breedte kan bedienen, met scherp oog voor de realisatie.

Door het sterk groeiende stedenbouwkundige en landschappelijke werk ontstond de ambitie om ook een stedenbouwkundige als partner in het bureau te hebben. Er was behoefte aan verdere professionalisering op het gebied van stedenbouw en landschap en aan een inspirerende partner binnen die vakgebieden. Richard Koek had als directeur van het Haagse CH & Partners stedenbouw en landschap al meerdere keren met Rijnboutt samengewerkt en dat klikte goed. Op 1 januari 2009 zijn beide bureaus gefuseerd. In datzelfde jaar droeg Kees Rijnboutt zijn aandeel in het bureau formeel over aan de andere partners.

Er werd besloten het bureau kort en krachtig Rijnboutt te noemen. Thonik ontwierp een huisstijl die tot op de dag van vandaag wordt gebruikt.

In 2009 verscheen ook het eerste Rijnboutt Magazine, een tijdschrift waarin jaarlijks een aan het vakgebied gerelateerd thema wordt onderzocht. Daarin blikt Rijnboutt bewust naar buiten en worden relaties en onafhankelijke specialisten geïnterviewd. Het was een bewuste strategie om aan het begin van de kredietcrisis juist sterk inhoudelijk over het vak en gerelateerde thema’s te communiceren.

In 2015 verscheen de monografie ‘Kees Rijnboutt – architect / ‘What shall we do with all this useless beauty?’ Dat was tevens het moment waarop Kees met pensioen ging. Kees Rijnboutt was nog tot mei 2022 supervisor van de herontwikkeling van de Zuidelijke IJ-oever in Amsterdam.

Maarten Castelijns trad in 2019 als partner toe, voor de strategische ontwikkeling en de groei van de portefeuille. Samen met Frederik Vermeesch en Renée Liefting is Maarten verantwoordelijk voor de dagelijkse leiding van het bureau. Bart van der Vossen nam afscheid in 2021 en Richard Koek verliet het bureau in 2023.